El programa declara dos líneas de investigación con énfasis en ambientes costeros (marinos, terrestres y acuáticos, y sus interfases):
Biodiversidad: se orienta al estudio y entendimiento de la biodiversidad y sus componentes, los factores naturales y antrópicos que los afectan, y los beneficios que proveen a la sociedad. Su estudio se aborda considerando todos los niveles organizacionales desde genético hasta ecosistémico. Esta línea incluye las áreas de genética, evolución, ecología y medio ambiente.
Biorecursos: se orienta al estudio y desarrollo de transformaciones o procesos químicos y biológicos que generen valor agregado en recursos biológicos o biogénicos y que favorezcan su uso sustentable. Esta línea incluye las áreas de bioremediación, manejo y conservación de recursos biológicos, e identificación y caracterización de bioproductos.